Para Juan Pablo II la fe y la razón son como las dos alas con las cuales el espíritu humano se eleva hacia la contemplación de la verdad.
En su encíclica Fides et Ratio muestra el drama de la separación entre fe y razón, porque si la razón del hombre se ve privada de la Revelación, se vuelve presuntuosa o tiende a renunciar a su meta final; y si la fe ignora la razón, corre el peligro de verse reducida a mito o superstición.
El amor y el respeto de Juan Pablo II por la ciencia tenían un profundo sentido humanístico y religioso. "El científico descubre las energías aún desconocidas del universo y las pone al servicio del hombre . Por su trabajo debe hacer crecer al hombre y a la naturaleza simultáneamente. Debe humanizar más al hombre, y al mismo tiempo respetar y perfeccionar la naturaleza".
Por eso les otorgaba a las ciencias básicas un valor intrínseco, pocas veces reconocido en la vida cotidiana. La simple búsqueda de la verdad justifica la existencia de la ciencia. No le pedía otra cosa: "La ciencia en sí misma es buena, puesto que es el conocimiento del mundo, que es bueno;
como tal fue creado y apreciado por su Creador con satisfacción, como dice el Génesis"
